Το Αρχαιολογικό Μουσείο Ηγουμενίτσας άνοιξε τις πύλες του στο κοινό τον Δεκέμβριο του 2009. Βρίσκεται στη βόρεια είσοδο της πόλης, σε απόσταση 3,2 χλμ. από τον λιμένα αυτής. Στεγάζεται σε νεόδμητο κτήριο ιδιαίτερης αρχιτεκτονικής φυσιογνωμίας, βασικά στοιχεία της οποίας είναι ο τονισμένος οριζόντιος άξονας και το εσωτερικό στεγασμένο αίθριο, γύρω από το οποίο αναπτύσσονται οι ενότητες του Μουσείου σε 4 επίπεδα.
Η μόνιμη έκθεση, με τίτλο «Θεσπρωτών Χώρα», περιλαμβάνει περισσότερα από 1.600 αντικείμενα που καλύπτουν ένα ευρύ χρονολογικό φάσμα, κυρίως από τη Μέση Παλαιολιθική περίοδο έως τους ύστερους ρωμαϊκούς χρόνους, με μικρή παρουσία ευρημάτων από τους βυζαντινούς και μεταβυζαντινούς χρόνους. Η έκθεση διαρθρώνεται σε πέντε θεματικές ενότητες μέσα από τις οποίες προβάλλεται η μακραίωνη ιστορία και το πλούσιο αρχαιολογικό απόθεμα της περιοχής, με το ενδιαφέρον να επικεντρώνεται στην ελληνιστική εποχή, περίοδο άνθησης για τις θεσπρωτικές πόλεις.
Τα εκθέματα στις προθήκες «ζωντανεύουν» με τη βοήθεια του πλούσιου εποπτικού υλικού, του τρισδιάστατου υλικού τεκμηρίωσης (αναπαραστάσεις αντικειμένων και των λειτουργιών τους, μακέτες), της αναπαράστασης εσωτερικών χώρων οικίας (μαγειρείο, αποθήκη, λουτρό), ενώ με τη συμβολή των νέων τεχνολογιών (οθόνες αφής και βιντεοπροβολές) ο επισκέπτης μπορεί να αντλήσει επιπλέον στοιχεία για τα εκθέματα.
Τους χώρους της μόνιμης έκθεσης συμπληρώνουν τα πλήρως εξοπλισμένα εργαστήρια συντήρησης και οστεοαρχαιολογίας, ο χώρος καταγραφής των ευρημάτων, το φωτογραφικό αρχείο και η βιβλιοθήκη για τους μελετητές. Το Μουσείο διαθέτει ακόμα αίθουσα πολλαπλών χρήσεων και μικρό υπαίθριο αμφιθέατρο, όπου διοργανώνονται και φιλοξενούνται ποικίλες δράσεις που αποσκοπούν στην ενδυνάμωση της σχέσης του με το ευρύ κοινό και την τοπική κοινωνία. Επιπλέον, το Μουσείο οργανώνει δράσεις και «εκτός των τειχών» του για την προσέλκυση κοινού αλλά και των τουριστών από τα κρουαζιερόπλοια που καταπλέουν στον λιμένα της πόλης.
Το Μουσείο πιστοποιήθηκε τον Απρίλιο του 2024.
